Das ISEK ist in mehrere Kapitel unterteilt, wobei der Grundlagenteil die transdisziplinäre Analyse, die alle relevanten bisherigen städtischen Konzepte, Fach- und Expertenwissen, Statistikdaten sowie Erkenntnisse aus der Bevölkerung und den Bezirken integriert und überlagert.
In Kapitel 1 „Einführung“ werden Zweck und Ziele des Konzepts erläutert und die aktuelle städtebauliche Situation Ingolstadts analysiert. Außerdem werden die Methodik und der Planungsprozess sowie die Steuerung und Beteiligung beschrieben.
Im Kapitel 2 „Region und Kontext“ werden die landschaftliche Einbettung, die regionale Verflechtung sowie die historische Entwicklung der Stadt erläutert. Ebenso wird auf die daraus resultierenden räumlichen Identitäten sowie Megatrends und Zukunftsfragen für Ingolstadt eingegangen.
In Kapitel 3 „Bestandsanalyse“ werden verschiedene Sektoren wie Stadtstruktur, Soziodemografie, Wohnungsangebot, Stadtwirtschaft, Mobilität, Blau-Grüne Infrastruktur und Bildungslandschaft mithilfe von Statistiken und Analysekarten eingeordnet und erläutert. Bei der Betrachtung der sektoralen Themen werden die vielfältigen Ansprüche an die Stadtentwicklung deutlich. Sie wirken nicht nur in dem jeweiligen Themenfeld, sondern treten vielfach miteinander in Beziehung. Das Fazit der SWOT-Analyse bringt zusammenfassend die Abhängigkeiten und Querbezüge, Qualitäten, Herausforderungen und Konfliktlinien in Übersicht. Es ordnet die Stärken, Schwächen, Chancen und Risiken den folgenden Handlungsfeldern zu: „Grün-Blaue Stadtlandschaft“, „Umweltgerechte Mobilität“, „Lebenswerte Quartiere“ und „Starke Zentren“. Dies stellt auch den Übergang der Grundlagenermittlung zum Handlungskonzept dar.
Die Erkenntnisse der Grundlagen- und SWOT-Analyse wurden in Kapitel 4 „Leitbild“ in Entwicklungsziele und Strategien übertragen, welche die wichtigsten Ansätze und Aussichten der künftigen Planung anhand der integrierten Handlungsfelder darstellen.